В Дунайському інституті водного транспорту ведеться активна науково-дослідна робота. Наукова діяльність науково-педагогічних працівників інституту розглядається як цілісна система дослідницьких робіт, спрямованих на вивчення актуальних проблем водного транспорту. В цьому напрямку викладачі працюють над кафедральними науково-дослідними темами «Роль соціально-гуманітарних дисциплін у професійній підготовці фахівців водного транспорту» (кафедра соціально-гуманітарних дисциплін), «Сучасні проблеми безпеки судноплавства та охорони навколишнього середовища», «Проблеми контролю стану та розвиток засобів діагностики технічних систем на водному транспорті» (кафедра судноводіння та експлуатації технічних систем на водному транспорті), «Природничо-математичні та інженерно-технічні дослідження у процесі підготовки компетентних фахівців морської галузі» (кафедра природничо-математичних та інженерно-технічних дисциплін).

Науково-педагогічні працівники Дунайського інституту водного транспорту беруть участь у засіданнях кафедральних науково-методичних семінарів: «Роль соціально-гуманітарних дисциплін у професійній підготовці фахівців водного транспорту» (кафедра соціально-гуманітарних дисциплін), «Сучасні проблеми судноводіння та експлуатації технічних систем на водному транспорті» (кафедра судноводіння та експлуатації технічних систем на водному транспорті), «Цифрові інструменти для організації ефективної дистанційної роботи та комунікації», «Дистанційне навчання у вищих навчальних закладах: сучасний стан та перспективи розвитку» (кафедра природничо-математичних та інженерно-технічних дисциплін). Активна участь науково-педагогічних працівників інституту у науковій роботі суттєво підвищує не тільки їх професійний рівень, але й забезпечує більш якісну підготовку майбутніх фахівців морського та внутрішнього водного транспорту. Реалізується система організаційних i методичних заходів з метою збільшення цитованості наукових праць співробітників інституту. Результатом такої роботи є численні наукові публікації фахівців у вітчизняних та іноземних рецензованих фахових виданнях, серед яких є видання, включені до наукометричних баз, зокрема Scopus, Web of Science та ін. Науково-педагогічний колектив є співавтором колективних монографій (Математичний апарат прогнозування довговічності обладнання засобів річкового та морського транспорту в умовах експлуатації за технічним станом: монографія / за заг. ред. О.А. Дакі. Київ: Державний університет інфраструктури та технологій, 2021. 251 с., Особливості діагностичного контролю технічного стану обладнання засобів річкового та морського транспорту: монографія / за заг. ред. О.А. Дакі. Київ: Державний університет інфраструктури та технологій, 2021. 224 с., та ін.).

Науково-дослідна робота здобувачів вищої освіти є одним із важливих засобів підвищення якості підготовки і професійного виховання фахівців з вищою освітою, здатних творчо застосовувати в практичній діяльності сучасні досягнення науково-технічного прогресу.

Наукова діяльність здобувачів вищої освіти є невід’ємною частиною освітнього процесу. Підготовка фахівців починається з першого року студентського життя через залучення до самостійної творчої дослідницької роботи шляхом участі у науково-технічних конференціях, олімпіадах, виставках, конкурсах, гуртках.

Науково-дослідна робота, що виконується в позааудиторний час, полягає також у підготовці здобувачами вищої освіти під керівництвом викладачів публікацій за результатами наукових досліджень. Зацікавленості здобувачів сприяє можливість стати автором першої друкованої наукової праці, а також публікувати свої роботи в збірниках наукових праць.

Результати наукових досліджень науковці та здобувачі вищої освіти мають змогу публікувати у серіях збірників наукових праць Державного університету інфраструктури та технологій: «Транспортні системи і технології», «Історія науки і техніки», «Водний транспорт», «Економіка й управління», юридичному журналі «Dikrtum factrum», які внесені до переліку фахових видань України. А також двічі на рік видається збірник наукових праць студентів «Молодий науковець».

Щороку здобувачі вищої освіти Дунайського інституту водного транспорту беруть активну участь у планових наукових заходах, які спрямовані на забезпечення інтеграції освітньо-наукового процесу і науки, реалізацію безперервного циклу науково-технічної діяльності від досліджень і розробок до впровадження в практику, в першу чергу, морської галузі. В інституті вже стали традиційними такі щорічні наукові заходи, як круглий стіл на тему «Сучасні проблеми безпеки судноплавства та охорони навколишнього середовища», Всеукраїнська інтернет-конференція здобувачів вищої освіти, аспірантів та молодих вчених на тему «Технічні науки в Україні: сучасні тенденції розвитку», Регіональна студентська науково-практична конференція «Морські дослідження Дунайського регіону: молодь, наука, інновації». За результатами конференцій видано друковані та електронні збірники. Здобувачі вищої освіти інституту є постійними активними учасниками різноманітних науково-пошукових заходів вищих навчальних закладів України та зарубіжжя.